Проверките на агенцията ще се извършват съвместно с други институции като НЗОК, РЦЗ, РИОКОЗ, Комисията за финансов контрол. Те ще се осъществяват с активното сътрудничество на съсловните организации на медицинските специалисти, научните дружества по медицина, националните консултанти. Агенцията ще разполага и със собствен щат от 50 специалисти.
Основната цел на проверките ще бъде установяването на качеството на извършваните медицински процедури, както и възможностите на лечебните заведения да гарантират безопасността и сигурността на пациентите. За тази цел ще се съблюдава дали се спазват медицинските стандарти, вътрешните правила на лечебните заведения за поведение и критерии на медицинските дружества. Предвижда се да бъде разработена система за оценка на качеството на медицинската помощ, въз основа на която ще се изготви рейтинг на лечебните заведения. Инспекциите ще се извършват по време на самото лечение на хората, както и по медицинската документация. Подобни проверки, които да показват качеството на медицинската помощ ще се правят за първи път у нас. Законите, по които ще се извършват проверките са три - закона за здравето, закона за лечебните заведения и закона за здравното осигуряване. По тях инспекторите от агенцията ще проверяват медицински специалисти от първичната и специализираната помощ, лечебни заведения за болнична помощ, фондове за здравно осигуряване. Санкциите, които инспекторите могат да налагат са по тези закони.
Агенцията ще изготвя и периодични анализи за състоянието и тенденциите за развитие на здравноосигурителната система, здравното състояние на населението и потребностите от кадрови ресурси в областта на здравеопазването. Освен това ще разработва програми и ще осъществява обучение в областта на качеството и медицинския одит, ще участва в международни инициативи за проучване и прилагане на добрия опит от другите страни и ще участва в разработването на проекти на нормативни актове, свързани с медицинското обслужване и здравното осигуряване на гражданите.