Програмата е съобразена с приоритетите на Европейския фонд за морско дело и рибарство, включващи рибарство, аквакултура, заетост и териториално сближаване, предлагане на пазара, преработване, насърчаване изпълнението на Общата политика в областта на рибарството и интегрираната морска политика. Съобразно тези приоритети е направено разпределение на общо 23 мерки. Общият финансов ресурс за изпълнение на мерките е 113 543 227 евро.

По отношение на рибарството значителен финансов ресурс ще бъде насочен към подобряване на инфраструктурата в рибарски пристанища, кейове за разтоварване и покрити лодкостоянки. Освен това е предвидена мярка за добавяне на стойност и повишаване качеството на продуктите. Друг важен акцент е подпомагането на иновациите и диверсификацията на дейностите извън търговския риболов. Общо за изпълнение на мерките по този приоритет са предвидени 25 514 500 евро.

В областта на аквакултурите ще се насърчава модернизирането на аквакултурни стопанства, подпомагането на нови производители, развиващи устойчиви аквакултури, преминаването от конвенционално към биологично производство и към схеми по управление на околната среда и одитиране (EMAS). Ще бъдат подкрепени и инвестиции за развиване на технически иновации или знания в областта на аквакултурите. За изпълнение на мерките по този приоритет предвиденият финансов ресурс е 36 215 000 евро.

По отношение изпълнението на Общата политика в областта на рибарството има две мерки - контрол и събиране на данни. Общият бюджет за тези дейности възлиза на 12 414 578 евро.
В изпълнение на приоритета за повишаване на заетостта и териториалното сближаване ще бъдат подкрепени мерки, свързани с подкрепа на Воденото от общностите местно развитие (ВОМР), чрез местни инициативни рибарски групи. Общият бюджет по този приоритет е 17 858 824 евро.

Предвидените дейности за насърчаване на предлагането на пазара и преработването акцентират върху инвестиции за преработване на продуктите от риболов и аквакултури. Подпомага се и създаването на организации на производителите, които ще бъдат в състояние да се възползват от подкрепа по ПМДР, което да им даде възможност по-добре да управляват дейността си и по-добре да продават своята продукция чрез реализация на планове за производство и представяне на пазара. 

Общо за този приоритет предвиденият финансов ресурс е 12 706 991 евро.
Сред приоритетите на Програмата за морско дело и рибарство е и насърчаването на Интегрираната морска политика. Програмата ще подкрепи разработване и внедряване на инструменти за интегрирано морско наблюдение, по-специално за подпомагане на прилагането, експлоатацията и поддържането на CISE (общата среда за обмен на информация). Ще се финансират и проекти за повишаване на природозащитния статус на застрашени видове и хабитати в НАТУРА 2000. Заделеният бюджет за тази мярка е 3 333 333 евро.