Според данните на държавното обвинение на 20 февруари 2017 г. в МЗ е била проведена среща между министъра на здравеопазването и директора на изпълнителната агенция, по време на която Семерджиев е заявил, че желае директорът на агенцията да назначи за свой заместник посочено от него лице. Директорът на изпълнителната агенция извършил проверка за лицето и установил, че той е собственик на дружества, занимаващи се с дейности в областта на здравеопазването и е в конфликт на интереси с длъжността на заместник изпълнителен директор на Агенцията.  

На 27 февруари 2017 г. лицето, което Семерджиев настоявал да бъде назначен за заместник-изпълнителен директор, отишло в Агенцията и провело среща с нейния директор. На тази среща директорът на Агенцията го уведомил, че тъй като е собственик на дружества, занимаващи се с дейности в областта на здравеопазването, би се намирал в конфликт на интереси, ако бъде назначен на позицията, която се иска от Семерджиев. 

На 24 март 2017 г., тъй като лицето не било назначено, в разговор с директора на агенцията Илко Семерджиев на висок тон му отправил заплахи, че ако не назначи посоченото от него лице, ще го уволни. Илко Семерджиев е заявил "Мога да Ви уволня, мога и да ви направя други неща" и че до понеделник трябва да му докладва за назначаването на посоченото от него лице за заместник. 

Заявил, че не се интересува от моралните задръжки на директора по повод конфликта на интереси на лицето и че няма да го слуша нито секунда повече. Илко Семерджиев е с мярка за неотклонение "подписка". Разследването продължава.