Една година по-късно на 31 март 1949 г. се създава официално самостоятелна гарнизонна болница в подчинение на командването на ВМС. През 1951г. болницата се преименува във Военноморски госпитал - Варна, а през 1987 г. се настанява в новопостроена сграда. От 1989 г. военноморската болница влиза в състава на ВМА.
Най-многопрофилната болница във Варна включва в състава си 24 специализирани клиники и отделения с 280 легла. Тук се намират единствените за Североизточна България клиники за лечение на остри отравяния и изгаряния, хипербарен център, апарат за екстракорпорална литотрипсия, модерна хирургична клиника с утвърдени конкурентни позиции в областта на миниинвазивната хирургия и многопрофилна терапевтична клиника.
В болницата се предлага медицинска помощ от висококвалифицирани специалисти по всички специалности, което я превръща във второто по големина и значимост военномедицинско заведение в страната след ВМА-МББАЛ-София. Болничната й база оказва 24-часова спешна медицинска помощ, осигурена от широк кръг специалисти - терапевти, хирурзи, реаниматори и токсиколози.
В болничната база се извършва профилактика, диагностика, лечение и рехабилитация на личния състав на МО и БА. Осигурява се физическата подготовка на военнослужещите от ВМС чрез възможностите на хипербарния център и барокамерата. Поддържа се в непрекъсната готовност и регионалното звено на Военномедицинския отряд за бързо реагиране.
Като военно лечебно заведение ББАЛ-Варна, участва в медицинското осигуряване на всички национални и многонационални учения в акваторията на Черно море. Освен към военното болницата има ангажименти и към гражданското здравеопазване. В съответствие със сключения договор с НЗОК днес ББАЛ-Варна, е отворена за всички български граждани. Тук те имат достъп до съвременни лечебно-диагностични технологии и висококвалифицирани специалисти.
През 2008 г. ББАЛ - Варна, получи отлична акредитационна оценка /5 звезди/ за цялостна дейност за срок от 5 години, както и акредитационна оценка „отлична" за срок от 5 години за практическо обучение на студенти и докторанти по професионално направление „Медицина", „Здравни грижи", „Обществено здравеопазване" и следдипломно обучение на лекари.